广东临床TCGA数据处理

下面我们看共表达co-expression：这里分别展示在TCGA的这组肝数据中与每个基因之间共表达的分子，可以选择正相关，也可以选择负相关。这个数据可以帮我们建立以查询基因为主题的共表达网络network图（前提是在TCGA这组数据里面），当然有了这些基因的信息还可以做功能注释，比如Pathway分析，GO分析等，从而明确STAT可能参与的功能和信号通路。另外，我们知道STAT是转录因子，再结合靶基因预测还可以寻找潜在的靶基因。所以这个数据非常有用。下面我们看Survival：这里展示的是7个基因的组合与肝病人预后的关系，有OS和DFS这两个指标，这站图在文章里面出现的频率也很高，可以直接用。后我们看Network：这里展示了这7个基因与50个基因以及药物的Network，结果可以导出到cytoscape。关于TCGA数据库查询使用的个工具Cbioportal就简单介绍到这里，使用工具还有很多，我们慢慢讲。甲基化/SNP突变/CNV与转录组学的整合分析,单细胞测序分析.广东临床TCGA数据处理

羡慕别人实验室可以做测序做芯片，样本多，数据多。听说利用GEO、TCGA数据库就能挖掘大量数据，发自己的文章，虽然只有三分，但堪称性价比比较高的套路！那么到底如何做GEO、TCGA数据挖掘呢？第一步，自己要分析的疾病，然后下载数据，差异表达分析，筛选得到几个关键的分子（可以是lncRNA，mRNA，miRNA，circRNA）。差异基因表达量聚类热图：样品与正常组织之间对比做差异表达分析，筛选出细胞中表达差异的基因，之后根据表达量绘制表达热图差异基因差异倍数与性的分布图，左边蓝色点下调基因，右边蓝色点上调基因第二步，进行GO富集分析、Pathway富集分析、GSEA富集分析、PPI分析、IPA通路分析等，再做生存分析、ROC曲线分析等，就可以得到与疾病诊断相关的biomarker。Cox回归分析与预后相关的biomarker，构建预后模型。根据预后模型划分病人风险，检验预后模型的可靠性。左图为模型ROC曲线结果，右图为生存分析结果找到与预后相关的关键基因，做蛋白互作网络分析结果第三步，如果发高分的文章，可以再做一下小鼠模型，细胞模型，敲除，过表达等补充实验，对分子机理进行深入研究，干湿结合，文章就能再上一个档次。另外，还有其他套路组合。广东临床TCGA数据处理可能细胞即使有了表型，再回过头来检测临床样本还不一定相符，此时幸好前面还有TCGA的数据。

这么多实验风险使整个研究有了很多不确定性。可能细胞即使有了表型，再回过头来检测临床样本还不一定相符，此时幸好前面还有TCGA的数据，大不了标本少做一点，或者干脆不做了。很多paper只会展示一些配对标本的检测结果，可能就几例，没有自己标本的临床相关性统计分析，也许不是没做，可能是做了之后发现结果跟TCGA不一样，没法解释。现在你有了表型还发不了比较好的文章，还必须用机制去回答why，这是我们需要突破的障碍。我们还会遇到细胞水平的数据和动物水平的数据不可重复，细胞有表型结果上了动物就做不出来，或者说有些细胞做了稳转株，不成瘤，就是对照组都不成瘤，这实验就没法做了。这些问题都是客观风险，大家在开展研究之前一定要有清醒的认识，科研是一步步试错的过程，如果经验丰富，每一步试错都有风险预案，可在设计实验时做更好的设计去避免。总的来说当你有一颗小种子的时候，基本上这篇文章就有了，但是这篇文章是能做到3分还是5分甚至更高，除了基因的原创性之外，还跟后面的客观风险有关，有时候数据做了一堆，但是有用的很少，提醒大家注意。文章出来后。

生信分析定制方案流程：1.方案设计研究背景分析内容参考文献2.项目执行样本提取检测高通量测序数据分析3.个性化数据挖掘分析参数优化数据专业解析潜在亮点建议4.实验验证临床样本QPCR切片-免疫组化细胞/动物实验5.结果梳理论文框架建议关键图表绘制回复审稿意见。智汇基因生物科技公司业务：生信分析定制化基因测序、实验技术外包、数据个性化分析、疾病数据库搭建及课程培训等服务。公司技术团队时刻把握科研动态，以便在课题设计、创新性评估、结果解读与数据分析方面提供服务,能够确保服务的上下衔接和完整性。为什么经常看到别人用这个数据库呢？

生信分析那么GSEA是什么呢？GSEA全称为GeneSetEnrichmentAnalysis，是基因集富集分析，官方解释是使用预定义的基因集(所谓预定义的基因集是指每条通路所含有的基因集中)，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序(一般是按照FoldChange排序)，然后检验预先设定的基因集中是否在这个排序表的顶端或者底端富集。因此，GSEA分析检测的不是单个基因的表达变化，而是包含那些细微基因的表达变化，从而更为理想的结果。生信分析类文章和基础硏究型文献并肩,成为许多科研单位及高校发文优先选择,智汇基因为您的科研加加速。数据库检测的数据类型多。广东临床TCGA数据处理

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